Родился 11 февраля 1960 г. в г. Ленинск-Кузнецке Кемеровской области, после окончания восьми классов, в 1988 г. поступил и в 1992 г. окончил СПТУ-24. Он вырос в обычной рабочей семье шахтерского города, где с ранних лет формировался уклад, ориентированный на тяжелый труд и самопожертвование.
В 1992 г. окончил СПТУ-24 и был принят на работу на шахту «им. Димитрова», в том же году был призван в ряды Советской Армии.
После демобилизации в 1994 г. вернулся на шахту «им. Димитрова».
В 1995 г. принят на работу в Оперативный взвод 18 военизированного горноспасательного отряда респираторщиком.
Был женат. Оставил после себя вдову Яковенко Елену Геннадьевну (1971 г.р.) и сына Константина (2002 г.р.).
Взрыв метана на шахте «Есаульская» (г. Новокузнецк Кемеровской области) произошёл 9 февраля 2005 года. Накануне трагедии, 8 февраля, в сбойке №4 выемочного участка 29-26 возник пожар. Получив сообщение из шахты об аварии, горный диспетчер задействовал план ликвидации аварий и вызвал ВГСЧ по роду аварии «пожар». Три отделения были направлены в шахту для вывода шахтеров и тушения пожара. Из аварийных горных выработок горноспасателями были эвакуированы 134 шахтера. Через несколько часов пожар в самой сбойке был ликвидирован, горение угля и газа метана продолжалось в выработанном пространстве в лаве в связи с чем, ответственным руководителем по ликвидации аварии было принято решение об изоляция аварийного участка путём возведения взрывоустойчивых перемычек.
В ночь с 8 на 9 февраля на аварийный участок были направлены три отделения горноспасателей (всего 17 человек). 9 февраля в 7 час. 57 мин. в выработанном пространстве лавы 29-26 произошел внезапный мощный взрыв, под действие воздушной ударной волны попали горноспасатели. Для поисково-спасательных работ были вызваны все подразделения «НОВГСО», а также горноспасатели из Прокопьевского ОВГСО и Кемеровского ОВГСО. Всего на шахте было сосредоточено 24 отделения ВГСЧ. К вечеру 9 февраля были обнаружены и выданы на поверхность без признаков жизни 14 горноспасателей, в том числе Яковенко С.И.
Память о герое:
Имя Яковенко С. И. высечено на монументе погибшим горноспасателям юга Сибири и Красноярского края, установленном в Новокузнецке Кемеровской области у шахты «Есаульская».
Ежегодно 8–9 февраля коллектив ФГУП «ВГСЧ» проводит возложение цветов и чтит память погибших, включая Яковенко.
Смотреть в «Книга памяти МЧС».
