Анатолий Яковлевович родился 17 апреля 1956 года в г. Севастополе. В 1970 году окончил восьмилетнюю школу № 23 и в этом же году устроился работать на завод «Парус» по специальности слесарь-инструментальщик.
Член ВЛКСМ с 1973 года. 01 сентября 1974 году был призван в Советскую Армию на действительную срочную службу, которую проходил в в/ч 73411 и в/ч 41480. Сверхсрочную службу проходил в в/ч 13189.
В органах МВД с 16 августа 1982 года. Старшина внутренней службы, старший пожарный ВПЧ-20 по охране производственного объединения «Севастопольский морской завод им. С. Орджоникидзе». В 1985 году награжден медалью «За безупречную службу» ІІІ степени.
У Анатолия Милоненко были сын Владимир и дочь Ирина.
1 марта 1989 года погиб во время тушения пожара на рыбопромышленной перерабатывающей базе «Советская Украина».
По данным пресс-службы ГУ МЧС России по г. Севастополю: 1 марта 1989 года произошел пожар на рыбопромышленной базе «Советская Украина». Тогда к месту вызова были направлены пожарные подразделения по повышенному номеру вызова. Одним из первых на место пожара прибыл Валерий Михайлович Шевченко и взял на себя руководство тушением: создал штаб, назначил опытных руководителей подразделений, организовал взаимодействие с огнеборцами Краснознамённого Черноморского флота, администрацией Севастопольского морского завода им. Орджоникидзе и судна, наладил связь между боевыми участками, штабом и центральным пунктом пожарной связи города. Осуществлял непрерывный контроль за точным исполнением отданных распоряжений.
Спустя годы дети погибшего старшины стали офицерами. Сын и дочь пошли по стопам отца — сегодня они офицеры органов внутренних дел. Владимир Милоненко: — Отец погиб, когда мне было 5 лет, но у меня навсегда остались о нем хорошие воспоминания как о настоящем мужчине. Он служил в пожарной охране. Погиб вместе со своим напарником во время тушения пожара на корабле "Советская Украина".
Ирина Милоненко: — Я не очень хорошо помню отца, мне тогда было 3 годика, но мне рассказывала мама, что он был отличным сотрудником и очень нас любил. Отец погиб как герой, до последних минут жизни охранял спокойствие граждан. Я считаю, что, поступая на службу в милицию, человек должен осознавать, что он идет служить прежде всего своему народу. И должен даже в самых сложных ситуациях быть верным присяге и готовым проявить мужество и героизм, как это сделал мой отец.
К сожалению подробностей этого пожара нет в нашем распоряжении пока нет. В сети на одном из форумов есть такая информация: "Руководил тушением пожара Евгений Молчанов. Каска, которая была на нем, после этого пожара была списана. Молчанов, Милоненко и не помню фамилию третьего, оказались блокированы пламенем в коридоре судна. И Милоненко прикрывал собой выход из огня командира расчета , который на своих плечах выносил третьего, получившего ожоги...."
Захоронен на Братском кладбище (Северная сторона).
Память о герое:
Ежегодно проводятся памятные мероприятия, где вспоминают и Милоненко Анатолия.