4 (16) сентября Наполеон, вынужденный спасаться из Кремля, покинул его пешком, направляясь к Арбату, заблудился там и, еле уйдя от пожара, выбрался к селу Хорошёву. Переправившись через Москву-реку по плавучему мосту, мимо Ваганьковского кладбища, он дошёл к вечеру до Петровского дворца. Свита Наполеона проехала по горящему Арбату до Москвы-реки, далее двигаясь относительно безопасным маршрутом вдоль её берега. В Петровском дворце, расположенном за городом, французский император находился три дня. Очевидец вспоминал: «На четвёртый день мы вернулись в город и увидели там только развалины и пепел».
"Ужасный спектакль — море огня, океан пламени. Это был самый великий, самый величественный и самый ужасный спектакль, который я видел за свою жизнь" писал Наполеон.
Пожар стих утром 6 (18) сентября, унеся три четверти города. Вернувшись в Кремль, Наполеон распорядился найти поджигателей. Французский сержант Анриен Бургонь вспоминал, что из числа поджигателей «по крайней мере две трети были каторжники… остальные были мещане среднего класса и русские полицейские, которых было легко узнать по их мундирам». Первые расстрелы виновных начались после дознаний 12 (24) сентября, всего было казнено около 400 человек из низших сословий.