Пожар начался 11 мая 1909 года во дворе дома на улице Каинской. Некий торговец Гнусин растапливал смолу в своем сарае на улице Каинской, чтобы залатать лодку и подготовить её к рыбацкому сезону.
Сначала загорелась маленькая избушка. Ветер задул искры пожара на сеновал. Далее пламя перекинулось на амбар, потом загорелся жилой дом. Огонь перешёл на соседний сельскохозяйственный склад. А там стали взрываться бочки со скипидаром.
В этот день был сильный ветер, который разносил пламя всё дальше и больше. Каждую минуту загорались новые дома. От улицы Александровской (ныне Серебренниковская) пламя перекинулось на дома на улицах Мостовой, Спасской (сейчас — Спартака), а через час вовсю полыхали кварталы на улицах Кривощёковской, Воронцовской (Свердлова) и Логовской (Семьи Шамшиных).
Пожар охватил часть города, ограниченную рекой Каменкой, Николаевским проспектом и Тобизеновской (М. Горького). Пожарные очень долго не могли потушить пламя, потому что доступ к каланче был отрезан огнём.
На помощь прибыли городская и Закаменская команды пожарных, но также не смогли исправить ситуацию.
Нанесённый городу ущерб составил более 5 млн рублей золотом.
Более 6 тысяч жителей в один миг остались без крыши над головой. Огонь уничтожил 22 квартала с 794 деревянными домами и все находящиеся возле них приусадебные постройки. Чудом уцелела деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Пожар стал одним из самых тяжёлых испытаний для города.
Огромное количество людей лишилось жилья и было вынуждено искать себе места для временного проживания и пищу. Многим сибирякам пришлось уехать в деревню.
Через несколько дней после пожара среди населения вспыхнула эпидемия тифа.
Опустошительный пожар 1909 года по своим масштабам был трагичен, ведь практически выгорела половина города. Но и в то же время, пожар послужил мощным толчком для дальнейшего интенсивного развития города. В течение 2-3 лет сгоревшие кварталы города были полностью восстановлены.
В восстановлении города активно участвовали:
Николай Гондатти – Томский губернатор, первый почетный житель Новониколаевска, действительный статский советник, камергер Высочайшего двора, первым посетил пепелище, несчастье горожан потрясло его. Николай Львович оказал большую помощь в ликвидации последствий пожара: при его содействии страховыми обществами были незамедлительно выплачены пострадавшим компенсации в размере 2 миллионов рублей. Гондатти объявил сбор пожертвований в пользу погорельцев от организаций и граждан, из губернской казны город получил ссуду в размере 150 тысяч рублей на восстановление и благоустройство. Томский губернатор обратился к губернаторам соседних сибирских городов с просьбой оказать погорельцам материальную помощь – вскоре поступили денежные пожертвования.
Владимир Жернаков – первый городской голова Новониколаевска. Должность городского головы он занял за несколько дней до пожара 1909 года, поэтому свою деятельность Жернаков начал с организации помощи пострадавшим. Он добился снятия арендной платы с жителей, чье имущество и жилье сгорели в огне. В годы пребывания Жернакова в должности городского головы стали периодом интенсивного развития Новониколаевска. Он вынес постановление в Думу о запрете строительства в центре города деревянных домов, о возведении в обязательном порядке брандмауэров, принятии самых строгих мер к нарушителям противопожарных правил, приняты и меры по развитию пожарного дела, постройке кирпичных заводов и кирпичных сараев в городе.
Центр начинает застраиваться каменными зданиями. Именно Владимир Жернаков приглашает из Томска в Новониколаевск жить и творить молодого, но уже известного архитектора Андрея Крячкова.
По его проектам построено около ста крупных зданий и сооружений в городах Сибири, но более всего в Новониколаевске, где им возведены здания, определившие архитектурный образ города. Такие как 12 начальных школ, соответствующих противопожарным требованиям, реальное училище, Городской торговый комплекс (ныне Краеведческий музей), здание коммерческого клуба (ныне театр Красный факел), здание Сибревкома, Часовня – один из символов Новосибирска.
Николай Тихомиров – инженер-путеец, строитель Западно-Сибирской железной дороги, один из основателей Новониколаевска. Активно занимался общественной деятельностью, организовал в Новониколаевске первое добровольное пожарное общество в 1897 году, почетным членом которого был избран. Его стараниями в Новониколаевске до 1900 года были построены и оснащены 3 пожарных депо.
