История Главного управления МЧС России по Калининградской области началась 28.08.1947, когда Постановлением Совета Министров СССР № 12024 в Калининградской области был создан «Штаб местной противовоздушной обороны» (МПВО) области, в 1950 г. были созданы штабы городских районов г. Калининграда. С июня 1951 по 1954 г. штабы МПВО были реорганизованы в управления служб МПВО города и районов, а в 1955 г. снова стали именоваться штабами МПВО.
Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 13.01.1960 № 44-16 в марте 1960 года МПВО передано в подчинение Министерства Обороны СССР, а штабы МПВО города Калининграда и его районов упразднены. В июле того же года МПВО СССР было переименовано в ГО СССР. В июле 1961 года Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 13.07.1961 № 639-275 МПВО Калининградской области переименовано в «Штаб гражданской обороны Калининградской области».
В 1963 году на основании Положения о штабах ГО РСФСР от 10.03.1962 № 321-34 создаются штабы ГО в районах города Калининграда, городских и сельских районах области. В мае 1965 г. были созданы областные курсы гражданской обороны. 1 июля 1966 г. вместо школы ПВО в г. Черняховске создана школа ГО, в 1968 г. школа ГО была расформирована и на ее базе созданы курсы ГО.
В 1973-1974 гг. проводились активные мероприятия по совершенствованию ГО области. В 1976 г. штаб ГО Калининградской области передислоцировался с ул. Коммунальная, 6 на ул. Озерная, 31. С 01.07.1989 директивой Министра Обороны СССР от 25.01.1989 № 314/1/00160 на базе Штаба ГО Калининградской области созданы Штаб ГО Калининградской области и Штаб ГО города Калининграда. Указанием начальника штаба гражданской обороны РФ от 20.03.1992 № 5/14/9/26 с июня 1992 года Штаб ГО Калининградской области переподчинён Северо-Западному региональному центру по делам ГО и ЧС.
С 1 октября 1993 г. директивой Председателя Государственного комитета РФ по делам ГО, ЧС и ликвидации последствий стихийных бедствий от 23.07.1993 № 201/809 и директивой начальника Северо-Западного регионального центра по делам ГО и ЧС от 11.08.1993 № 5/459 переименованы: - Штаб ГО Калининградской области – в штаб по делам ГО и ЧС Калининградской области; - Штаб ГО г. Калининграда - в штаб по делам ГО и ЧС г. Калининграда, в его подчинении находятся районные штабы по делам ГО и ЧС; - 325 курсы ГО Калининградской области – в 325 учебно-методический центр по ГО и ЧС Калининградской области; - курсы ГО г. Калининграда – в межрайонный учебно-методический центр по ГО и ЧС г. Калининграда; - курсы ГО г. Черняховска – в межрайонный учебно-методический центр по ГО и ЧС г. Черняховска.
С 1 января 1995 г. Директивой МЧС России от 27.06.1995 № 25-93-5 и указанием начальника Северо-Западного регионального центра от 18.07.1995 № 4/984 переформировываются: - штаб по делам ГО и ЧС Калининградской области – в управление по делам ГО и ЧС Калининградской области; - межрайонный учебно-методический центр по ГО и ЧС г. Калининграда – в курсы гражданской обороны г. Калининграда; - учебно-методический центр по ГО и ЧС г. Черняховска – в курсы гражданской обороны г. Черняховска. С 1 июля 1997 г. в соответствии с Постановлением Правительства РФ от 23.11.1996 № 1396, директивой МЧС России от 06.05.1997 № 42-26-31 и указанием начальника Северо-Западного регионального центра МЧС России от 03.06.1997 № 4/1050 переформировываются: - Управление по делам ГО и ЧС Калининградской области – в Главное управление по делам ГО и ЧС Калининградской области; - штаб по делам ГО и ЧС г. Калининграда – в управление по делам ГО и ЧС г. Калининграда.
30 октября 1998 года начальником Главного управления по делам ГО и ЧС Калининградской области назначен полковник Кульчицкий Александр Васильевич. С 5 мая 1999 г. В Главном управлении введена штатная Единая дежурно-диспечерская служба (ЕДДС). С 01.03.2000 директивой МЧС России от 31.12.1999 № 31-33-21 в соответствии с Указом Президента РФ от 27.07.1998 № 900 Главное управление по делам ГО и ЧС Калининградской области выведено из подчинения Северо-Западного регионального центра МЧС России и подчинено непосредственно МЧС России. С 1 октября 2001 г. сформировано Управление по делам ГО и ЧС г. Черняховск Калининградской области.
С 1 января 2002 г. Государственная противопожарная служба МВД РФ преобразована в Государственную противопожарную службу МЧС России, а с 1 октября 2003 г. преобразована в Государственную противопожарную службу Главного управления по делам ГО и ЧС. Организационно в состав Главного управления по делам ГО и ЧС Калининградской области вошли 8 управлений, 9 самостоятельных отделов, территориальные органы (отделы) Государственного пожарного надзора, подразделения обеспечения и обслуживания. С 01.01.2005 приказом МЧС России от 26.10.2004 № 487 создано «Главное управление МЧС России по Калининградской области».