8 августа 1951 года, приказом Управления МВД Московской области, образован Специальный отдел в составе УПО г. Москвы. Отдел состоял из 11 человек, которые занимались охраной важнейших государственных объектов. С развитием объектов рос и Специальный отдел.
В июне 1969 года, в соответствии с приказом ГУПО МВД СССР, Специальный отдел УПО г. Москвы преобразован в Отдел пожарной охраны №3 в составе ГУПО МВД СССР. 8 января 1973 года, приказом МВД СССР, Отдел пожарной охраны был преобразован в Управления пожарной охраны №3. 22 марта 1973 года, приказом МВД СССР утверждается его штатное расписание. 1 ноября 2011 года ГУ «Специальное управление ФПС №3 МЧС России» было переименовано в Специальное управление ФПС №3 МЧС России.
Сегодня Специальное управление ФПС №3 МЧС России является самым крупным подразделением в составе Специальных подразделений МЧС России. Это мощное подразделение, обеспечивающее надежную противопожарную защиту уникальных государственных предприятий оборонного комплекса страны, расположенных в городе Москве, Московской и Тверской областях, а также закрытых административно территориальных образований (ЗАТО), расположенных в Московской области: ЗАТО Краснознаменск, ЗАТО Восход, ЗАТО Молодежный, ЗАТО Власиха, ЗАТО Звездный городок; в Тверской области: ЗАТО Озерный, ЗАТО Солнечный.
22 ноября 2011 г. Специальному управлению ФПС №3 МЧС России первому из Специальных подразделений МЧС России в торжественной обстановке в Центральном музее Великой Отечественной войны, вручено Знамя Специального управления ФПС №3 Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидаций последствий стихийных бедствий.
Личным составом управления осуществляется комплекс мер по противопожарной защите при проведении международных космических салонов «МАКС», международных выставок средства обеспечения безопасности государства «Интерполитех», международного форума «Технологии в машиностроении», при проведении показательных полетов летательных аппаратов во время празднования 100 – летия ВВС России.
За успешные действия подразделений управления по спасению людей, ликвидации аварий и пожаров более 60 сотрудников были удостоены государственных наград. Сборная команда управления по пожарно-прикладному спорту неоднократный призер Всероссийских соревнований.
