В соответствии с постановлением Совета министров РСФСР № 986 от 5 августа 1955 года исполком Ставропольского краевого Совета Народных депутатов трудящихся принял решение создать до 30 декабря 1955 года Штаб МПВО Карачаево-Черкесской автономной области.
С 30 декабря 1955 года по 22 апреля 1960 года Штаб МПВО Карачаево-Черкесской автономной области организационно входил в структуру МВД.
С апреля 1960 года по апрель 1992 года Штаб ГО Карачаево-Черкесской автономной области – в системе Министерства обороны СССР.
В 1961 году Штаб МПВО Карачаево-Черкесской автономной области преобразован в Штаб ГО Карачаево-Черкесской автономной области.
