Гражданская оборона Ханты-Мансийского автономного округа берет свое начало в 1980 году. Тогда, 19 сентября 1980 года на основании распорядительного документа Тюменского облисполкома № 012 был образован в Ханты-Мансийске Штаб гражданской обороны. Первым начальником Штаба ГО стал подполковник в отставке Николай Федорович Бабанов.
Выполняя задачи гражданской обороны, штабы ГО городов и районов, объектов народного хозяйства осуществляли комплекс мероприятий, направленных на подготовку к защите населения от опасностей, которые могли возникнуть при проведении военных действий или вследствие возникновения чрезвычайных ситуаций.
В 1991 году Указом Президента штабы ГО были переименованы в штабы ГО и ЧС, а в 1996 реорганизованы в Управления по делам ГО и ЧС.