В 2005 году Приказом МЧС России от 14 октября 2005 года № 745 принято решение о создании судебно-экспертных учреждений и экспертных подразделений федеральной противопожарной службы.
Имеющиеся на тот момент в стране ИПЛ, а также вновь созданные в субъектах РФ лаборатории получили статус государственных учреждений.
На основании приказов МЧС России, приказа начальника ГУ МЧС России по Читинской области от 05.05.2006 г., № 165, с 01.07.2006 г. было создано Государственное учреждение Судебно-экспертное учреждение Федеральной противопожарной службы «Испытательная пожарная лаборатория» по Читинской области,в 2008 году после объединения Читинской области и АБАО, ИПЛ получило статус краевой.
С января 2012 года ГУ СЭУ ФПС ИПЛ по Забайкальскому краю преобразовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение.
ФГБУ СЭУ ФПС ИПЛ по Забайкальскому краю является государственным экспертным учреждением.