21 июля 1983 года Приказом Министра обороны СССР № 181 был образован Музей гражданской обороны, который 20 апреля 1994 года преобразовали в Центральный музей Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
До этого музей с 1973 года существовал как Учебно-методический класс и размещался в фойе клуба Штаба Гражданской обороны СССР (г. Москва, ул. Ватутина д.1). Ответственным за учебно-методический класс был назначен подполковник Прогнимак Григорий Антонович. За десять лет на базе класса была создана экспозиция о истории МПВО и гражданской обороны, которая и легла в основу будущего музея. Торжественное открытие музея состоялось 21 июля 1983 года. Музей открывал Начальник Гражданской обороны СССР, заместитель Министра обороны, генерал армии Алтунин Александр Терентьевич. Первым начальником музея был назначен подполковник Прогнимак Г.А. Штат музея состоял из трёх человек: начальника музея, его заместителя и заведующего экспозицией.
10 января 1986 года Музей гражданской обороны СССР открыт для посещений.
С декабря 1986 года музей возглавил 35-летний подполковник Гришин Вячеслав Леонидович. Он дважды, в 1987 и 1990 году, принимал участие в ликвидации последствий катастрофы на Чернобыльской АЭС. На основе собранных материалов в 1987 году была создана новая экспозиция «Место подвига – Чернобыль», которая отразила мужество и героизм советских людей, проявленные в ходе ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. Эта экспозиция размещалась в отдельном зале площадью в 50 кв. метров.
В 1990 году Гришин В.Л. избирается на должность президента Союза «Чернобыль» России. В мае 1991 года на должность начальника музея Гражданской обороны СССР назначен Дорофеев Виктор Николаевич, начальник политотдела, войсковой части №42214 (г. Химки). Начавшийся период распада Советского государства стал тяжелейшим испытанием для страны и музея, в частности. Виктору Николаевичу принадлежит заслуга в сохранении музея в это сложное время.
21 октября 1992 года начальником музея назначается майор Федосеев Алексей Алексеевич, заместитель командира отдельного батальона по политической части.
В апреле 1994 году Музей гражданской обороны СССР включен в систему МЧС России в статусе учреждения центрального подчинения (приказ МЧС России от 20.04.1994 № 155 «О преобразовании музея гражданской обороны в Центральный музей Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий»).
В 1995 году в музей приходит работать генерал-лейтенант в отставке Оверчук Алексей Мефодьевич (1924 — 2007г.) - активный участник Великой Отечественной войны, прошедший служебный путь от рядового разведчика миномётной батареи до генерал-лейтенанта, члена Военного совета — начальника Политического управления Закавказского военного округа. Большой энтузиаст сбора исторического материала он внёс неоценимый вклад в разработку экспозиции музея, пополнения её новыми музейными экспонатами и историческими документами.
В октябре 1995 года начальником музея назначен подполковник Лёвин Сергей Фёдорович (1959-1999г.), психолог отдельной спасательной бригады, при котором активно развиваются технические и компьютерные базы музея.
Большую роль в организации музейной работы сыграли Приказы МЧС России от 21 мая 1999 года № 276 «О дальнейшем развитии и совершенствовании работы Центрального музея МЧС России» и от 14 июля 2000 года №376 «О мерах по дальнейшему развитию Центрального музея МЧС России и совершенствованию его работы». Последним приказом был утверждён Совет Центрального музея МЧС России, с помощью которого были расширены возможности деятельности музея.
В августе 2000 года начальником Центрального музея МЧС России назначается выпускник адъюнктуры Военного университета Министерства обороны кандидат исторических наук майор Белотелов Алексей Леонидович.
В конце 2004 года музей переведён в другой район столицы и по настоящее время размещается по адресу Лазоревый проезд, д.12. (м. Ботанический сад). В новом помещении была оперативно создана новая экспозиция состоящая из четырёх тематических залов (площадь 250 кв.м).
Центральный музей МЧС России – первый специализированный музей в России, являющийся хранителем коллекций по истории гражданской защиты населения от угроз природного и техногенного характера в условиях военного и мирного времени. Музей собирает, сохраняет, исследует и публикует свои коллекции, предлагая посетителям продуманные запоминающиеся выставки, разрабатывает содержательные культурные и образовательные программы.
Центральный музей МЧС России выполняет функции научно-методического центра по отношению к региональным музеям, музейным образованиям и комнатам воинской и трудовой славы МЧС России.
Фондовое собрание музея насчитывает более 8 000 единиц хранения, ежегодно около 2 000 единиц из них экспонируются на экспозициях и передвижных выставках.
Центральный музей МЧС России награжден почетным знаком Правительства Российской Федерации «За активную работу по патриотическому воспитанию граждан Российской Федерации», памятной медалью «70 лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов», дипломами МЧС России за организацию демонстрационных программ на Международных салонах «Комплексная безопасность» (2015, 2016, 2017, 2018 годы).
В 1983-2004 годах Музей размещался в Учебно-методическом центре по гражданской обороне и чрезвычайным ситуациям Москвы (г. Москва, ул. Живописная, д. 28).
В 2005 - 2016 годах Центральный музей МЧС России размещался по адресу: г. Москва, Лазоревый пр., д. 12.
В 2017- 2019 годах Центральный музей МЧС России перемещен в административное здание МЧС России, по адресу: г. Москва, Театральный проезд, д. 3, стр. 1.
В июле 2019 года Центральный музей МЧС России временно перемещен на территорию Академии гражданской защиты МЧС России, где открыты выставки «Гражданская оборона. Страницы истории» и «Международная деятельность МЧС России».
В сентябре 2019 года в состав в Центрального музея МЧС России включен отдел геральдического обеспечения МЧС России.
28 декабря 2022 года в защитном сооружении гражданской обороны «Объект № 18» была открыта экспозиция Центрального музея МЧС России «История гражданской обороны».
ВЫСТАВОЧНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ И ПРОГРАММЫ МУЗЕЯ
Коллекции музея включают более 8 тысяч предметов по истории Местной противовоздушной обороны, Гражданской обороны СССР, МЧС России. Ежегодно ФКУ «Центральный музей МЧС России» организует экспонирование более 12 стационарных и передвижных выставок по истории спасательных служб России.
Центральный музей МЧС России – постоянный участник Международных салонов «Комплексная безопасность», на которых представляет выставочные проекты, соединяющие историю защиты населения от природных и техногенных угроз с современными задачами безопасности.