Родился 7 ноября 1925 года в деревне Павловская Вологодской области.
Военная служба для него началась в годы Великой Отечественной войны в январе 1943 года рядовым в стрелковом полку. Там молодого бойца вскоре назначили командиром отделения, а августе 1943 года помощником командира взвода с присвоением звания младший сержант. В армии Худяков Р.И. показал себя образцовым младшим командиром и в мае 1944 года его направили на курсы младших лейтенантов. В апреле 1945 года, по окончании курсов, Худякова Р.И. назначают заместителем начальника заставы Карело-Финского пограничного округа.
Будучи в должности старшего офицера штаба погранотряда на финской границе в мае 1955 года Рафаил Иванович поступает в ордена Ленина Краснознаменный военный институт КГБ СССР (ныне Пограничная Академия ФСБ РФ), который оканчивает в ноябре 1958 года с золотой медалью.
После окончания института Худяков Р.И. был назначен на должность начальника штаба МПВО г. Тамбова, а вскоре, в 1961 году, утвержден в должности начальника штаба – заместителя начальника гражданской обороны Тамбовской области. Там он впервые создает стройную систему управления мероприятиями гражданской обороны, и, наладив дела в этой области, в 1969 году получает приказ о направлении в более крупную – Воронежскую. Недооценка угрозы вероятного противника местной администрацией заставляет его определить основные направления работы своей службы и добиваться выполнения своих указаний от многих руководителей.
Приоритетом в этой работе Худяков выбирает инженерную защиту населения в городах и других населенных пунктах, для чего им ставились не только практические задачи, но и шло обучение руководящего состава.
Наиболее пристальное внимание он уделял Нововоронежской атомной электростанции, относясь к ней, как к объекту повышенной опасности.
По его инициативе там часто проводились совместные учения пожарных подразделений АЭС и города Воронежа, тренировки и научно-практические конференции республиканского и союзного масштабов, направленные на подготовку сил и средств в случае возникновения серьезных аварийных ситуаций и в том, что НВАЭС работает относительно нормально, есть немалая заслуга Рафаила Ивановича.
Так, в ходе конференции по безопасности эксплуатации АЭС, проводимой в июне 1981 года, он одним из первых доказывал необходимость подготовки к стопроцентной эвакуации людей, проживающих в населенных пунктах, которые находятся вблизи от атомной станции. А насколько это было важно, показала катастрофа на Чернобыльской АЭС.
В 1984 году Худяков Р.И. возглавил военно - мобилизационный отдел администрации Воронежской области. Восемь лет Худяков Р.И. проработал в этой должности, и его стараниями этот отдел вошел в число лучших в Российской Федерации.
С 1969 по 1992 год Худяков Р.И. в течение 23 лет будучи членом суженного заседания облисполкома по занимаемой должности участвовал в подготовке, рассмотрении и организации решения всех вопросов гражданской обороны и чрезвычайных ситуаций, военного и мобилизационного характера, а также других неотложных задач, вызванных обстановкой в области. По его инициативе и с учетом предложений с мест построено 4-х этажное здание узла связи в р.п. Анна, склады для хранения имущества мобилизационного резерва, казарма для размещения полка гражданской обороны и другие важные народно-хозяйственные и военные объекты.
В сентябре 1973 года в р.п. Хохольский по халатности руководства сахарного завода был похищен двумя подростками контейнер с радиоактивным изотопом Цезий-137, который был разбит во дворе дома Строгиных, уровень радиации в этом месте достигал до 6 рентген в час, что превышало пределы безопасности в несколько раз. Решением облисполкома Худякову было поручено организовать и провести обеззараживание территории захоронения и обследование населения. Эта работа была выполнена в течение 2-х недель, что предотвратило наступление более серьезных последствий, за что была получена высокая оценка от военного руководства страны.
Лично участвовал в организации и проведении спасательных работ в аварии на Лискинском маслоэкстракционном заводе, а также ликвидации аварийных ситуаций на заводах «Синтетический каучук», Шинном заводе, Перелешинском и Грибановском сахарных заводах.
В 1969-1979 годах Штаб гражданской обороны области, являясь одновременно штабом ГО г. Воронежа инициировал и осуществлял строительство защитных сооружений на крупных заводах (авиационном, механическом, полупроводниковых приборов, алюминиевых конструкций и ряде других), что позволило обеспечить 100% защиту работающих по условиям военного времени.
За участие в Великой Отечественной войне награжден медалями «За боевые заслуги», «За победу над Германией» и другими юбилейными медалями. В 1978 году награжден орденом «Красной Звезды», награждался почетными знаками ДОСААФ СССР и обществом Красного Креста СССР.
Принимал активное участие в издании многих книг, посвященных Великой Отечественной войне.
